协议离婚（两愿离婚）的方式：

如在台湾地区协议离婚者，必须拟具离婚协议书及二人以上见证人的签名，并亲自到户政机关办理离婚登记；由于两岸通婚，所以在台湾地区办理离婚后，该离婚协议书及注记离婚登记的户籍誊本应经两岸文书认证后，再到内地补办离婚证。

但倘若在内地协议离婚，可否也在台湾地区办理离婚登记？因内地当事人无法与台湾地区当事人亲自来台湾地区办理离婚登记的，如何处理？台湾地区“法务部”2001年8月见解认为：在内地完成离婚规定并取得离婚证后，可以委托在台湾地区的人民担任代理人，并由代理人与在台湾地区配偶前往台湾地区“户政机关”办理离婚登记即可。

两岸居民常见协议离婚的内容：

两岸通婚的内地居民在协议离婚时，要求财产分配或赡养费的情形并不多见，或许因为内地人民在难以继续维持婚姻时，多数希望尽快结束婚姻关系而离开台湾地区返回内地，因此委曲求全而让步关于财产之请求；当中也有因为多数不知道如何得知台湾地区配偶的财产状况，所以很少向台湾地区人民请求财产分配。

至于未成年子女的监护权，除非因为家庭暴力而离婚，否则内地女性朋友多数有很强的女性自主意识，只要能够有充分的探望权，而不会如台湾地区女性朋友强力争取未成年子女的监护权；不过由于台湾地区“法令”规定，内地居民与台湾地区居民离婚者，必须有未成年子女监护权，否则会因此丧失在台湾地区继续居留或定居的权利，而会被迫离开台湾地区，离台后担心难以探望子女，因此也会强烈争取未成年子女的监护权。